Dolna Wisła to interesujący i cenny obszar przyrodniczy ze względu na to, że jest jedyną tak dużą rzeką w Europie o słabo uregulowanym korycie. W skali Zachodniej Paleartyki odgrywa ważną rolę jako korytarz ekologiczny łączący Karpaty z Bałtykiem. Na piaszczystych łachach gniazdują zagrożone gatunki ptaków. W okresie zimowym rzeka staje się ostoją ptaków wodnych. Znaczne ich zagęszczenie zwabia tu bieliki, których liczebność od Solca Kujawskiego do Nowego dochodzi do ok. 40 osobników. Żyją tu rzadkie gatunki ryb i ssaków. Dla zachowania wartości przyrodniczej obszaru konieczne było: ograniczenie kłusownictwa, nielegalnego poboru wody, wędkarstwa prowadzonego z piaszczystych wysp - kolonii lęgowych ptaków, edukacja miejscowej ludności.

Ochrona dotyczy następujących gatunków:

Rybitwa białoczelna (Sterna albifrons) - gatunek narażony na wyginięcie i rybitwa rzeczna.(Sterna hirundo) - legną się na na piaszczystych wyspach na Wiśle. Wyspy te często służą wędkarzom jako miejsca połowu ryb, co w okresie lęgowym prowadzi do kilkugodzinnego opuszczenia kolonii przez ptaki i obumarcia rozwijających się w jajach zarodków.

Tracz nurogęś (Mergus merganser) do niedawna nielicznie gniazdował w północnej i zachodniej Polsce. W ciągu ostatnich kilkunastu lat zaczął zwiększać swoją liczebność i coraz częściej gnieździć się nad dolną Wisłą. Ochrona polega na budowaniu i rozwieszaniu budek dla tego gatunku w potencjalnie sprzyjających miejscach lęgowych. Rozwieszenie takich budek może przyczynić się dodatkowo do ochrony innych ptaków jak: siniaka (Columba oenans) i niektórych gatunków sów.

Gągoł (Bucephala clangula) - gatunek "wydobyty z niebezpieczeństwa". Na odcinku od Solca Kujawskiego do Świecia zlokalizowane jest największe jego zimowisko w skali Europy. Duża koncentracja kilku tys. osobników ułatwia kłusownictwo sieciowe na te ptaki.

Wydra (Lutra lutra) to zwierze chronione w większości krajów naszego kontynentu, gdyż w ciągu ostatnich 100 lat na wielu obszarach wyginęła lub stała się skrajnie nieliczna. W rejonie dolnej Wisły zaobserwowano wzrost liczebności i tego gatunku. Ze względu na cenne futro oraz szkody czynione w stawach rybnych wydra zabijana jest nierzadko bardzo prymitywnymi metodami. Ochrona polega na zwalczaniu kłusownictwa poprzez likwidację sideł oraz na edukacji lokalnej społeczności.

Minóg rzeczny (Lampetra fluviatilis), , troć wędrowna (Salmo trutta) oraz certa (Vimba vimba) należą do gatunku wędrownego. Mają one największe znaczenie jako osobliwości przyrodnicze i obiekty połowów rybackich i wędkarskich. Obowiązująca ustawa o rybołówstwie i liczne rozporządzenia wydane na jej podstawie mają na celu ograniczenie kłusownictwa i rabunkowej gospodarki rybackiej. Ważniejsze postanowienia ustawy określają wymiary i okresy ochronne ryb, ustalają wielkość oczek dla sieci, obręby ochronne. Do kłusowników należy również zaliczyć pokaźną liczbę nigdzie nie zrzeszonych "dzikich wędkarzy". Ochrona polega na kontrolowaniu za pomocą łodzi patrolowej rozległego systemu wodnego Wisły.

Derkacz (Crex crex) należy do grupy gatunków najbardziej zagrożonych wyginięciem w skali światowej. Między Solcem Kujawskim a Świeciem zlokalizowano kilkadziesiąt stanowisk lęgowych (dla porównania, między Sandomierzem a Płockiem 7 stanowisk), stąd teren ten jest wyjątkowo cenny i wymaga szczególnej ochrony poprzez zaniechanie zaorywania użytków zielonych w międzywalu.

Rzekotka drzewna (Hyla arborea) to niewielki płaz spotykany głównie na Niżu Polski. Niszczenie miejsc jego występowania, zanieczyszczenie środowiska, zanikanie małych zbiorników wodnych, gdzie może się rozmnażać spowodowało, że w wielu regionach Polski już nie występuje. Nad dolną Wisłą rzekotki możemy spotkać jeszcze dość często.   Bielik (Halaiaeetus albicilla) poluje, w mroźne zimy, na osłabione niskim i temperaturami i głodem ptaki wodne. Z raku dostatecznej ilości pokarmu drapieżniki odżywiają się także padliną. Ponad 40 regularnie żerujących osobników świadczy o atrakcyjności obszaru dla tych rzadkich ptaków.

Są jednak takie gatunki które kiedyś występowały np. na terenie Zespołu Nadwiślańskich Parków Krajobrazowych, lecz dziś na próżno byśmy ich szukali. Do nich zaliczyć należy obuwika pospolitego (Ccypripedium calceolus), a z ryb jesiotra zachodniego (Acipenser sturio). niepokojem napawa możliwośc ewentualnej realizacji programu kaskadyzacji dolnej Wisły. W wyniku budowy dużych zapór nastąpiłyby zmiany mikroklimatu, poziomu wód gruntowych i drastycznie zmalałaby różnorodność gatunkowa ryb szczególnie wędrownych, zniknęłyby siedliska lęgowe rybitw, derkacza, zimorodka, miejsca zimowania rzadkich gatunków ptaków wodnych, znacznemu zaburzeniu uległyby stosunki wodne w całej dolinie.